中国科学院上海有机化学研究所（简称上海有机所）是集基础研究、应用研究和高技术创新研究为一体的综合性化学研究机构，创建于1950年5月，是中国科学院首批成立的15个研究所之一，前身是建立于1928年7月的前中央研究院化学研究所。
上海有机所现有2个国家重点实验室、4个院重点实验室，分别为：生命有机化学国家重点实验室、金属有机化学国家重点实验室、中国科学院有机氟化学重点实验室、中国科学院天然产物有机合成化学重点实验室、中国科学院有机功能分子合成与组装化学重点实验室和中国科学院能量调控材料重点实验室。此外，还有同国内外大学、企业联合共建的，如沪港化学合成联合实验室、宁波新材料创制中心等多个联合研究中心。
