黄酮类化合物的提取，主要是根据被提取物质的性质和提取过程伴随的杂质是否容易除去来选择适当的提取溶剂。
黄酮苷类和极性较大的苷元，如羟基黄酮、双黄酮、橙酮、查耳酮等，一般可用丙酮、乙酸乙酯、乙醇、甲醇、水或极性较大的混合溶剂提取，其中用得最多的是甲醇—水(1：1)或甲醇。多糖苷类则可用沸水提取，以破坏水解酶的活性，避免苷类水解，例如从槐花米中提取芦丁。在提取花青素类化合物时，可加入少量酸，如0.1%盐酸，但提取一般黄酮苷类成分时不应加酸，以避免发生水解。黄酮苷元的提取宜选用极性较小的溶剂，如氯仿、乙醚、乙酸乙酯等。对于极性小的多甲氧基黄酮苷元，也可用苯进行提取。
对于得到的粗提取液，可进一步回收溶剂浓缩成浸膏后，再用溶媒萃取、碱提酸沉淀、大孔吸附树脂、超临界流体萃取、超声波等方法初步精制。
1．溶剂萃取法
利用黄酮类化合物与混入的杂质极性不同，选择不同的溶剂进行萃取，不仅可以使黄酮类化合物与杂质分离，还可以使苷类与苷元或极性苷元与非极性苷元相互分离。例如植物叶子的醇浸提液，用石油醚萃取，可以除去叶绿素和胡萝卜素等脂溶性色素；水提取液浓缩后加入3-4倍量的乙醇，可以沉淀除去蛋白质、多糖等水溶性杂质。
有时溶剂萃取过程也可以用逆流分配法连续进行。常用的溶剂系统有：水—醋酸乙酯、正丁醇—石油醚等。
2．碱提酸沉淀法
黄酮类化合物分子中大多数都含有酚羟基，显弱酸性，易溶于碱性水而难溶于酸性水，因此可以用碱性水溶液（如饱和石灰水、5%碳酸钠或稀氢氧化钠溶液等）或碱性稀醇来提取。提取液加酸酸化后，黄酮类化合物即可沉淀析出。
在用碱提酸沉法进行提取纯化时，应当注意所用碱浓度不宜过高，以免在强碱条件下，尤其在加热时破坏黄酮母核；在加酸酸化时，酸性也不宜过强，以免生成详盐，致使析出的黄酮类化合物又重新溶解，降低产品得率；当原料中含有大量果胶、黏液质等水溶性杂质时，如花、果实等原料，宜用石灰乳或石灰水代替其他碱性水溶液进行提取，以使上述含羧基的杂质生成钙盐沉淀而不被溶出，更有利于黄酮类化合物的纯化处理。
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